बौद्धनाथ दक्षिणबाट मुगलको आक्रमण पश्चात १४औं शताब्दी तिर बनेको थियो। यद्यपि यसको निर्माण सम्बन्धि धेरै रोचक कथाहरू रहेको छ। सन् १९५९ तिब्बत माथि चीनको आक्रमणले गर्दा हजारौ संख्यामा आएका तिब्बती शरणार्थीहरू नेपाल आए पश्चात बौद्धनाथ स्तूप तिब्बती बुद्ध धर्मको महत्त्वपूर्ण केन्द्र बनेको थियो।